Le Verger de poires se passe dans les années 1990, appelées aussi « les années sauvages », à Tbilissi, la capitale de la Géorgie tout juste devenue indépendante. « L’École des idiots », une institution héritée du passé soviétique, accueille des enfants handicapés mentaux, ainsi que d’autres élèves, qui sont orphelins ou ont été abandonnés par leurs parents pour des raisons économiques.
Lela, une adolescente de 16 ans, décide un jour d’assassiner Wano, le prof d’histoire. Au fil du récit, la raison de cette haine apparaît : Lela a été agressée et violée. Malgré tout, elle ne se laisse pas dévorer par son désir de vengeance : elle endosse le rôle de protectrice, réconfortant les plus jeunes et les encourageant à étudier, pour quitter au plus vite cet endroit – pour traverser le verger de poires et rejoindre la liberté.... Lela prend ainsi sous son aile le jeune Irakli, qui ne parvient pas à accepter que sa mère ne viendra jamais le chercher. Un jour, un couple d’Américains leur rend visite à l’internat, et le rêve d’un avenir meilleur paraît sur le point de se réaliser, de la plus étrange des manières…